Übersicht · Syntagma Forschung
Offenlegung / Disclosure
Werk: codex-vivum · Stand: 2026-05-12 Autor / Author: Thomas Schüller · ORCID 0009-0003-9799-6747
Dieses Dokument legt offen, wie diese Arbeit entstanden ist, was daran geprüft wurde und was nicht. Es gehört zum Bündel und ist bei einer Veröffentlichung mitzuführen.
This document discloses how this work was produced, what has been verified and what has not. It belongs to the bundle and is to accompany any publication.
1. Entstehung / How this was produced
Die Werkzeuge, die Texte, die Prüfskripte und die Abbildungen dieses Bündels sind unter Verwendung eines KI-Assistenzsystems (Claude, Anthropic) entstanden. Konzeption, inhaltliche Entscheidungen, Prüfung und Verantwortung liegen beim genannten Autor.
The tools, texts, validation scripts and figures in this bundle were produced with the assistance of an AI system (Claude, Anthropic). Conception, substantive decisions, verification and responsibility rest with the named author.
Diese Angabe erfolgt aus zwei Gründen. Erstens verlangen zunehmend mehr Fachzeitschriften und Repositorien eine solche Erklärung; sie hier bereitzuhalten erspart später Rückfragen. Zweitens ist sie für die Einordnung der Arbeit erheblich: Ein Text, der von einem System mitverfasst wurde, das Plausibles erzeugen kann, ohne es geprüft zu haben, muss strengeren Belegansprüchen genügen als einer, der aus geprüftem Fachwissen stammt.
Genau deshalb steht in diesem Bündel neben jeder Aussage, worauf sie beruht — und was sie nicht zeigt.
2. Was nachprüfbar belegt ist
| Aussage | Beleg | Nachvollziehbar über |
|---|---|---|
| Die Schmelztemperatur-Berechnung stimmt mit einer unabhängigen Umsetzung derselben Methodik auf ≤ 1,25 °C überein | 120 Vergleiche gegen Biopython | validierung/tm_validation.py |
| Die Schnittstellen-Erkennung stimmt vollständig mit einer unabhängigen Umsetzung überein | 1.634 Positionsvergleiche, 43 Enzyme, lineare und zirkuläre DNA | validierung/restriktion_validation.py |
| Die Erkennung stimmt für pUC19 mit der publizierten Polylinker-Karte überein | 10 Enzyme, je genau eine Stelle | ebenda, Teil E |
| Art des Überhangs und Isoschizomer-Angaben stimmen | 43 bzw. 14 Angaben | validierung/metadaten_validation.py |
| Die Kernlogik verhält sich weiterhin wie beschrieben | 46 Prüfungen | code/tests/, Aufruf npm test |
| Die Anwendung überträgt keine Eingaben | kein Netzaufruf zur Laufzeit im Quelltext | code/src/lib/, Sichtprüfung |
Jedes Skript endet mit Rückgabewert 0 nur bei vollständiger Übereinstimmung und ist über einen festen Zufallsstartwert reproduzierbar.
3. Was ausdrücklich nicht belegt ist
- Absolute Genauigkeit der Schmelztemperatur gegenüber Messwerten. Verglichen wurde gegen eine zweite Umsetzung derselben Formel, nicht gegen Laborwerte. Die einschlägigen Messreihen (Owczarzy 2004, 2008) sind nicht frei zugänglich; ein dokumentierter Beschaffungsversuch blieb erfolglos. Eingeordnet ist die Größenordnung nur relativ: Die veröffentlichten Parametersätze unterscheiden sich untereinander im Mittel um 8,67 °C, also etwa das Zehnfache der eigenen Abweichung.
- Abgleich gegen NEBcutter. Nicht erfolgt; das Werkzeug hat keine offene Schnittstelle.
- Herkunftsorganismus je Enzym. 43 Angaben, ungeprüft. Die Referenzbibliothek führt dieses Feld nicht in vergleichbarer Form.
- Länge des Überhangs in Nukleotiden. Geprüft wurde nur die Art (5', 3', glatt).
- Erprobung im Unterricht. Es liegen keine Erfahrungswerte aus realer Lehre vor. Alle Aussagen über didaktischen Nutzen sind Absichtserklärungen, keine Befunde.
- Methylierungsabhängigkeit einzelner Enzyme wird nicht modelliert.
4. Gefundene und behobene Fehler
Die Prüfungen haben vier Fehler zutage gefördert. Sie werden hier genannt, weil ihre Existenz etwas über die Verlässlichkeit des Vorgehens aussagt — und weil ein Bündel, das nur Bestätigungen berichtet, weniger vertrauenswürdig ist, nicht mehr.
- Überlappende Erkennungsstellen gingen verloren. Der Suchlauf sprang hinter das Ende eines Treffers. Betraf sieben selbstüberlappungsfähige Muster.
- Die Enzymtabelle war doppelt geführt. Das Prüfskript enthielt eine abgetippte Zweitfassung mit neun Abweichungen — die Prüfung lief teilweise gegen eine Bibliothek, die es nicht gibt. Behoben, indem das Skript die Tabelle aus der Quelle liest.
- Typ-IIS-Enzyme schnitten im Gegenstrang falsch. Das Datenmodell kannte nur einen Schnittversatz; BsaI ist GGTCTC(1/5) und braucht zwei.
- Eine falsche Isoschizomer-Angabe. PciI war als Isoschizomer von AflIII geführt, dessen Erkennungssequenz jedoch weniger spezifisch ist.
Fehler 2 betraf nicht das Werkzeug, sondern die Prüfung selbst — ohne seine Behebung wäre Fehler 3 verborgen geblieben. Fehler 4 hätte sich der Positionsprüfung entzogen, weil er keine Rechnung verändert.
Alle vier sind durch Prüfungen im Testsatz abgesichert.
5. Herkunft fremder Bestandteile
Siehe HERKUNFT.md für die vollständige Aufstellung. Kurz:
- Externe Sequenzen: pUC19 und pBR322, aus einem offenen Repositorium bezogen und vor der Verwendung gegen publizierte Eckdaten geprüft.
- Referenzimplementierung: Biopython (
Bio.Restriction,Bio.SeqUtils.MeltingTemp), Enzymdaten aus REBASE. - Bibliotheken zur Laufzeit: React, Tailwind CSS, Lucide — zur Bauzeit gebündelt, keine Netzaufrufe zur Laufzeit.
- Algorithmische Grundlagen: SantaLucia 1998, Owczarzy 2004, REBASE, NCBI Tabelle 1, IUPAC 1985 — jeweils im Papier mit DOI belegt.
6. Zweckbestimmung
Ausschließlich Lehre und Forschung. Kein Medizinprodukt nach Verordnung (EU) 2017/745, kein In-vitro-Diagnostikum nach Verordnung (EU) 2017/746. Keine Diagnose, keine Therapieempfehlung, keine klinische Entscheidungsunterstützung.
For teaching and research only. Not a medical device under Regulation (EU) 2017/745, not an in-vitro diagnostic under Regulation (EU) 2017/746.
7. Veröffentlichungsstand
Nachtrag 2026-09-25: Papier, Validierungsberichte und die Werkzeuge für Restriktionskartierung und Primer-Entwurf sind auf syntagma-science.com veröffentlicht (Syntagma-Fassung). Eine Repositoriums-Ablage (DOI) und der öffentliche Quelltext stehen weiterhin aus.
Zum Zeitpunkt der Bündelfassung (2026-05-12) war nichts veröffentlicht. Weder liegt eine Ablage bei einem Repositorium vor, noch ist der Quelltext öffentlich, noch läuft die Anwendung an einer öffentlichen Adresse. Das Bündel ist vorbereitet; die Entscheidung liegt beim Autor.