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CODEX VIVUM — Tm-VALIDIERUNGS-STUDIE
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Testdatensatz: 40 Primer (Längen 16-30 nt, GC 30-70%)
Salzbedingungen: [50, 100, 200] mM Na+
Primerkonzentration: 250 nM

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TEST A — Codex Vivum vs. Biopython Tm_NN (beide SantaLucia 1998)
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  [Na+] = 50 mM:
    Mittlere Differenz (Bias):  -0.86 °C
    Std-Abweichung:              0.16 °C
    Max |Differenz|:             1.18 °C
    Anteil ≤ ±2 °C:              100 %

  [Na+] = 100 mM:
    Mittlere Differenz (Bias):  -0.89 °C
    Std-Abweichung:              0.17 °C
    Max |Differenz|:             1.22 °C
    Anteil ≤ ±2 °C:              100 %

  [Na+] = 200 mM:
    Mittlere Differenz (Bias):  -0.91 °C
    Std-Abweichung:              0.17 °C
    Max |Differenz|:             1.25 °C
    Anteil ≤ ±2 °C:              100 %

  GESAMT (120 Vergleiche):
    Mittlere Differenz (Bias):  -0.89 °C
    Std-Abweichung:              0.17 °C
    Max |Differenz|:             1.25 °C
    Median |Differenz|:          0.87 °C
    Anteil ≤ ±2 °C:              100 %

  ==> ERFOLGSKRITERIUM ERFÜLLT (100% ≥ 80% innerhalb ±2 °C)

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TEST B — Sanity-Checks (Monotonie, Plausibilität)
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  [OK]  Längere Sequenz höhere Tm: 36.0 → 62.8 °C
  [OK]  Höherer GC höhere Tm: AT-reich 16.8 → GC-reich 77.9 °C
  [OK]  Höheres Salz höhere Tm: 50mM 54.2 → 200mM 63.0 °C
  [OK]  Typischer 20mer im plausiblen Bereich: 55.2 °C
  [OK]  16nt-Palindrom self-comp, Tm plausibel: 61.7 °C

  Sanity-Checks: 5/5 bestanden

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TEST C — Referenzsequenzen (Größenordnung)
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  Sequenz              Länge   GC%   Tm(CV)  Anmerkung
  GCGTGACGATCTGACGT       17   59%    68.4°  GC-reich, ~50% GC
  ATCGATCGATCGATCG        16   50%    61.2°  alternierend AT/GC
  AAAAAAAAAAAAAAAA        16    0%    45.2°  Homopolymer A (Extremfall)
  GCGCGCGCGCGCGCGC        16  100%    87.3°  Homopolymer GC (Extremfall)

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TEST D — STREUUNG ZWISCHEN VERÖFFENTLICHTEN PARAMETERSÄTZEN
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  Nicht zu verwechseln mit einem Abgleich gegen Messwerte. Dieser Teil
  beziffert, wie stark die Wahl des Parametersatzes das Ergebnis bewegt.
  Panjkovich & Melo (2005) berichten hier erhebliche Unterschiede; das
  ist der Bezugsrahmen, in den die eigene Abweichung einzuordnen ist.

  Parametersatz               Mittelwert           Spanne
  Breslauer 1986                 61.23 °C    39.4 … 81.0  
  Sugimoto 1996                  56.41 °C    42.0 … 69.0  
  SantaLucia 1998                52.75 °C    38.3 … 66.4  
  SantaLucia & Hicks 2004        52.69 °C    38.2 … 66.4  
  Codex Vivum                    51.74 °C    37.1 … 65.5  

  Streuung je Sequenz über die vier Sätze:
    im Mittel 8.67 °C, maximal 14.63 °C
  Eigene Abweichung zur selben Methodik: 0.89 °C
  Verhältnis: die Methodenwahl bewegt das Ergebnis um etwa das
  10-fache der eigenen Abweichung.


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ZUSAMMENFASSUNG
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Test A (vs Biopython):  Bias -0.89 °C, 100% innerhalb ±2 °C
Test B (Sanity):        5/5 Checks bestanden
Test C (Referenz):      4 Sequenzen im plausiblen Bereich

Interpretation: siehe VALIDATION_REPORT.md
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