STRUKTURBLICK · Anleitung · Guide
Proteinstrukturen aus der AlphaFold-Datenbank · FORSCH-PROV0447-W02 · Thomas Schüller · Syntagma Forschung
| Schritt | Was Sie tun | Ergebnis |
|---|---|---|
| 1 | UniProt-Kennung (etwa P69905), Gen (HBA1) oder Proteinnamen eingeben | Bei Kennung direkt das Modell, sonst bis zu zwölf geprüfte UniProt-Einträge zur Auswahl |
| 2 | Eintrag wählen | Kenndaten, Verlässlichkeit je Aminosäure (pLDDT), Fehlerkarte (PAE), drehbares Rückgrat |
| 3 | Ansicht drehen und zoomen | Farben nach pLDDT: über 90 sehr verlässlich, 70–90 verlässlich, 50–70 gering, unter 50 sehr gering (oft ungeordnete Bereiche) |
| 4 | Dateien laden (PDB, mmCIF) oder zum Eintrag bei EMBL-EBI wechseln | Weiterarbeit in eigenen Programmen; ausführliche 3D-Ansicht bei EMBL-EBI |
Lesart: pLDDT bewertet die lokale Verlässlichkeit, PAE die gegenseitige Lage zweier Bereiche. Ein Modell mit hohem pLDDT, aber großem PAE zwischen Domänen sagt die Domänen selbst gut voraus, ihre Anordnung zueinander aber nicht.
Grenzen: Vorhersagen sind theoretische Modelle ohne Gewähr; sie zeigen keine Liganden, Komplexe (außer eigens berechneten), Modifikationen oder Bewegungen. Keine medizinische oder therapeutische Aussage.
Nennung: AlphaFold Protein Structure Database, EMBL-EBI, CC BY 4.0; Jumper et al. 2021; Varadi et al. 2024. UniProt, CC BY 4.0. Das Werkzeug ruft die Dienste nur auf Ihren Klick ab; diese sehen dabei Ihre IP-Adresse.
EN: Enter a UniProt accession, gene or protein name, pick an entry, and read per-residue confidence (pLDDT), the predicted aligned error map and a rotatable Cα backbone; download PDB or mmCIF. Predictions are theoretical models without warranty. Attribution: AlphaFold DB (EMBL-EBI, CC BY 4.0), UniProt (CC BY 4.0).